Na Day 2 PokerStars EPT Prague Main Event-a igralo se šest nivoa od po 75 minuta, a kao vodeći u treći dan turnira ušao je Iosif Beskrovnyy sa 625.000 čipova. Dan su otpočela 462 igrača a igralo se na 52 stola. Međutim, više od polovine takmičara završilo je turnir a njih 161 se plasiralo u treći dan takmičenja. Na većini polja igralo se brzo i dinamično, sa velikim dobicima i gubicima. Martin Hanowski je samo jedan od igrača koji su uspeli da naprave ogroman stek tokom sedam i po sati igre. Hanowski je dan počeo sa 115.800 čipova, a u Day 3 je ušao kao drugoplasirani sa stekom od 484.000.
Igrači za koje je Day 2 bio poslednji na turniru i koji nisu uspeli da se izbore za učešće u nastavku takmičenja su Chris Moorman, Toby Lewis, Craig McCorkell, Jake Cody, Fabian Quoss, Martin Finger, David Peters kao i članovi Team PokerStars-a Jason Mercier, Toni Judet, Eugene Katchalov, Richard Toth, Marcin Horecki i Alex Kravchenko.
Day 3 je završen nakon pet nivoa od po 90 minuta. U nastavak takmičenja ide 55 igrača a čip lider je Ramzi Jelassi sa stekom od 1.238 miliona. Jelassi je do vodeće pozicije došao nakon što je eliminisao Sirzat Hissou-a i osvojio veliki pot. 33 igrača je završilo turnir bez nagrade, među kojima i PokerStars Team pro Pier Paolo Fabretti. Bubble-boy je bio Rasmus Agerskov koji je završio turnir na 129. mestu, a 128 igrača je ušlo u nagrade.
Day 3 nisu preživeli Sergey Baranov, Day 1b čip lider Vadim Belov, članovi PokerStars Team-a Juan Manuel Pastor i Bertrand "ElkY" Grospellier, Petr Jelinek, John Eames, Marc-Andre Ladouceur, Shannon Shorr, Vincent van der Fluit i Andrey Gulyy. U nastavak takmičenja između ostalih idu i Todd Terry, Roger Hairabedian, Robert Peltecci, Fabrice Soulier, Johnny Lodden, Jeff Sarwer, Mark Herm, Chris Brammer i Roberto Romanello.
Top 10 igrača PokerStars EPT Prague Main Event Day 3 i njihov chip count:
1. Ramzi Jelassi – 1.238.000
2. Sotirios Koutoupas – 1.049.000
3. Chris Brammer – 1.021.000
4. Jeff Sarwer – 963.000
5. Dany Parlafes – 950.000
6. Mark Herm – 916.000
7. Mads Amot – 895.000
8. Martin Hanowski – 893.000
9. Andreas Berggren – 845.000
10. Aleh Plauski – 807.000